吉木萨尔县气候条件独特，四季分明，年平均气温6.5℃，平原地区无霜期170天，山区无霜期145天，年平均降雨量212毫米，可利用水资源量4.4亿立方米，现有可耕地64.14万亩、各类草场1020.9万亩、林地53.7万亩。南部山间盆地为天山北坡独有的逆温带气候，年降雨量355mm左右，生物资源丰富而独具特色，特别适宜农作物制种和大蒜、土豆、胡萝卜、草莓、黑穗醋栗以及多种名贵中药材的种植；中部平原地势平坦开阔，是绿洲农业区，盛产玉米、小麦、高粱、油葵、瓜菜等，其中尤以大蒜、红花、黑加仑、番茄、肉丛蓉等特色农产品为最，为全疆乃至全国名优特产品盛产区之一，已被国家农业部命名为大蒜之乡、黑加仑之乡、高
